La phase d’isolement de souches consiste à la mise en œuvre de milieux gélosés spécifiques des micro-organismes d’intérêt. La confirmation de l’appartenance à une espèce se fait à l’aide de méthodes biochimique et moléculaire.

La sélection des souches est ensuite réalisée sur la base de différents critères selon les applications envisagées :
 Exigences nutritionnelles
 Résistance aux stress technologiques ou environnementaux
 Comportement après passage dans un modèle
dynamique in vitro de digesteur
(compartiment stomacale et intestinal)
 Activités métaboliques
 Production de molécules d’intérêt
 Propriétés antagonistes
 Capacités d’adhésion sur des supports

Voir aussi dans la même rubrique :

- Probiotiques et prébiotiques
- Caractérisation de préparations bactériennes